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Le indagini microbiologiche sono volte alla ricerca e identificazione di microrganismi (batteri, muffe, lieviti e virus) e alla loro valutazione quantitativa (conteggio) e qualitativa (presenza/assenza). L'analisi microbiologica si basa essenzialmente sulla semina di un’aliquota di campione, opportunamente preparato a varie diluizioni, su “terreni colturali”, distribuiti in piastre o provette, seguita dall’incubazione in idonee condizioni. Durante il periodo d’incubazione i microrganismi si moltiplicano fino a formare delle colonie visibili a occhio nudo. L’analisi prosegue poi con l’identificazione delle specie o dei gruppi microbici presenti nel campione, in modo da permettere la formulazione di un giudizio.